Die 1809 in "Naturforschende Gesellschaft" umbenannte "Physikalische Gesellschaft", war fortan die wichtigste Trägerin der Zürcher Naturaliensammlung. 1837 verkaufte die Naturforschende Gesellschaft ihre Sammlung an die Stadt Zürich. Sie wurde in unterschiedlichen Räumlichkeiten untergebracht und diente der 1833 gegründeten Universität auch zu Lehrzwecken. Im Mai 1914 schliesslich wurde das Zoologische Museum an der Künstlergasse eröffnet.
Sammeln heisst eine Passion leben. Viele private Sammler und Sammlerinnen sammeln aus Leidenschaft und tragen seit 16. Jahrhundert bis heute mit ihren Schenkungen massgeblich zum Ausbau der Sammlung des Zoologischen Museums bei. Die Sammlung des Zürcher Arztes und Naturforschers Conrad Gessners (1516-1565) wird oftmals als "ältestes Privatmuseum Europas" bezeichnet.
Einen wichtigen Grundstein der heutigen zoologischen Sammlung bildet die Schenkung von Heinrich Rudolf Schinz (1777-1861). Der aus Deutschland stammende Arzt hatte sich in Zürich niedergelassen und ein internationales Sammler- und Tauschnetzwerk aufgebaut. Er vermachte der Naturforschenden Gesellschaft eine beachtliche Sammlung von heimischen Säugetieren, Reptilien, Insekten und ausländischen Vögeln. Schenkungen, wie etwa die 3000 Schnecken- und Muschelarten umfassende Sammlung von Mary Briner (1900-?), sind zentraler Bestandteil der Zoologischen Sammlung Zürich.
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